四个情同手足的乌龟少年一直生活在人类城市隐秘的下水管道中，他们渴望成为这个城市的英雄，被人接受。在人类朋友爱普莉尔的帮助下，四位忍者神龟开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……
行事叛逆的乖张少侠游方，为了搭救探查处子少女失踪案而潜入国师军营的同伴采薇，不慎暴露其魔族后裔的身世，更因体内封印着黄幡星的魔丸力量，引来国师玄真及魔族新君荻野的双重追杀。幸得游方师傅诸葛十方出手相救，指引游方、采薇前往参破寺，寻求故友无尘大师解惑天书破局。逃亡途中，游方被迫与孪生兄弟荻野联手，对抗玄真派来的冷酷杀手饿修罗及魍魉丸。最终，兄弟情战胜了人魔两界的敌意，心存善念的游方甘愿吸纳双子魔丸，引来惊破天雷，怀着挽救苍生之心，与国师玄真决一死战。
