阴云密布的高谭市，自蝙蝠侠消失的十年里，变种人团伙为非作歹，变本加厉，将这座繁华城市变成充满恐怖和凶杀的罪恶王国。嫉恶如仇的吉姆·戈登探长（大卫·塞尔比 David Selby 配音）行将退休，却不免成为变种人下一个袭击的目标。随着双面人哈维·登特（韦德·威廉姆斯 Wade Williams 配音）走出精神病院，高谭市被带入更加阴冷的黑暗之中。与此同时，富翁布鲁斯·韦恩（彼得·威勒 Peter Weller 配音）置身事外，享受着养尊处优的上流生活。而旧日记忆的复苏，一步步引导着他再次拿起搁置已久的战斗服。夜幕降临，老态龙钟的蝙蝠侠穿梭城市的阴暗角落，以无情的手段惩治恶徒。 正义战士归来，正邪之争日趋白热化……
故事从战兔在公路上骑着摩托车，接到美空和纱羽姐的电话开始。万丈去参拜香澄（女朋友）的墓，一海去参拜三羽鸦的墓，幻德则睡觉。三都的知事的演说开始了，战兔将一对姐弟从Smash那解救了出来。因为伊能贤吾的洗脑，民众们向战兔袭来。火星灭亡后，为了毁灭地球，Blood族在这10年里，一直作为影子暗中活动。Evolto因为没参与其中，导致三人被灭亡。战兔在逃跑的途中，突然出现了两只狗，看到狗实在太可爱了，战兔忍不住为其拍照。结果不巧被民众发现了，又跑了出去。足球场的应援席里，一海与幻德达成一致。但是这时北都知事---才贺涼香出现了，并变成剪刀Smash，与Rogue和Grease打了起来。听到是乡原光臣当初提出把香澄变成Smash的，万丈立刻变成Cross-z Magma，与变身成斑马Smash的光臣打了起来。但是这时，伊能贤吾现身，将万丈洗脑了。战兔为了调查【极计划】，这时伊能贤吾与被洗脑的万丈现身了，万丈变身成Great Cross-z向战兔袭来。战兔也变身为Rabbit Rabbit形态迎战。可是被斑马Smash和剪刀Smash抓住不能动弹，又受到Great Cross-z的【Great Dragon Finish】的重击，导致变身解除了。一海和幻德被才贺涼香抓住了，这时内海出现了说想要挤压腰带就下跪吧。只有幻德下跪了取回了腰带。变身解除的战兔被万丈夺走了危险扳机，交给了伊能贤吾。与剪刀Smash、斑马Smash和万丈三人一样，伊能贤吾使用【伟大穿越龙】、【眼镜蛇迷失满瓶】和【危险扳机】变身成了假面骑士Blood。就在Blood要给肉身的战兔致命一击的时候，Evolto为救战兔而赶来了。
尊尼在回家不幸撞上十八轮的大货车，死里逃生，昏迷了五年，在桑恩维萨克大夫的治疗下，终于醒了。撞伤后的尊尼，变成有奇特的超能力，不但能预测护士家失火，也能看到大夫的过去，顿成镇上的风云人物。
