皮卡特舰长获知百科（Data）中尉在巴库（Baku）星球被掳为人质后立刻率企业号前往营救。当他们来到巴库星球，整个星球上只居住了六百名巴库人，与世隔绝、摒弃科技、崇尚和平，过着纯朴的生活；百科被掳不像是巴库人的作风，想必另有隐情。皮卡特舰长遇到一名叫做安妮的巴库女子，经由她得知巴库人虽然看起来年轻，星球的原居民巴库其实年龄都已经超过三百岁了。面临老化的索纳（Sons）人，发现巴库人长生不老的秘诀再于巴库星球外围的特殊放射线能不断的重组基因结构。如今巴库人要遭受灭种的威胁……来自外层空间的索纳人联结星际联盟，根据原有的巴库人村落拟造了一个一模一样的环境，预谋将巴库人迁徙到这个虚拟村落，企图独享青春泉源。瑟纳人首领鲁阿弗假藉文化访查之名率众进入巴库星球，企图赶走巴库人，占领巴库星球。皮卡特舰长将所获知的情报呈报杜尔迪司令，却发现司令与星际联邦总部早已知情，并暗中参与这项阴谋。杜尔迪不理会皮卡特的抗议，下令企业号立即撤返，不得干预。毕卡舰长面临了关键性的一刻，若他服从命令就违背了当初加入星际舰队时曾立下的誓言，反之，若采取行动，他则必须放弃事业、组员、企业号、一切！来投入这场天堂之战。
本片是以地球人与瓦肯人的“第一类接触”事件为背景，将重心放在《星际迷航之下一代》电视系列剧中的大敌『博格人』。企业号正在宇宙空间做例行巡航时，舰长皮卡特接到密电，称博格人已联合其他星系的力量，准备向地球发起攻击。由于舰长皮卡特曾受敌方俘虏并同化，星际舰队对其不很信任，故没有派其出战。皮卡特不顾命令，仍然参与战斗，之后企业号跟随博格人的时间漩涡回到21世纪，以阻挡博格人试图改变人类的外星发展史达到征服地球的企图。
寇克等人作为嘉宾乘新企业号试航，途中收到救援任务……而在另一时空，索伦博士正阴谋毁灭星球，攻击企业号。唯一能够帮助新船长皮卡特来阻止索伦的，只有销声匿迹了78年的寇克船长。
大虾（刘青云 饰）替名震江湖的老大唐俊（郑伊健 饰）办事，帮他杀死了叛徒黑牛，很受俊的赏识。大虾一怒之下杀了奸夫，俊为他多方奔走才使他脱罪，自此两人成了莫逆。岂料俊遭到他的亲大哥威陷害运毒，被警方通缉，无奈只好潜回大陆避难。俊的女友辣椒（邱淑贞 饰）前往找威报仇，失手被擒后惨遭摧残。
彬仔（小彬彬 饰）今年7岁了，天生异常顽皮捣蛋的他并不受人欢迎，被他捉弄得团团转的老师同学都拿他没办法。彬仔的父亲十分讨厌这个捣蛋鬼，但他母亲细毛却十分疼爱彬仔。这次，彬仔闯了大祸。他贪玩无意中偷了黑帮的花名册，黑帮找不到名册只好把他绑架了。彬仔的失踪并没有引起其父的注意，他认为一定是彬仔贪玩自己走远了。
首都机场附近的某个小镇上，曾经的诗人陈小阳（廖凡）化身黑鸡养殖场场长，一心做着自己场出产的营养黑鸡蛋全部占领北京市场的梦。某日，小镇迎来陈小阳的昔日好友、失败诗人欧阳云飞（陈建斌）。在欧阳云飞眼里，宁静的小镇神秘怪诞，正与他的心境相契合。
拥有绘画天赋的阿明（王合喜）为令相爱多年的女友美仪过上优渥的生活，放弃成为艺术家转做挣钱较多的职员，他没想到的是，自己为梦想的未来辛苦打拼时，美仪竟背着他结识了比他有钱的男人，两人分手。而感情受挫更令他工作严重失误失掉工作。为了有新的开始，阿明换了居住环境，结识房东小蕾（周海媚），后又成为她的同事，而工作中他的绘画才能也因偶然机会被老板赏识。朝夕相处中，阿明与小蕾生出感情，小蕾的哥哥（罗家英）也极力撮合两人携手同行。但这时美仪杀来回马枪。
结婚生子后的冬冬（梅艳芳 饰）过着相夫教子的的日子，但世界并不太平。经历过核爆炸后，世界面临水荒，但却有一家神秘的净水公司控制着纯净水并从中谋取暴利，甚至遏制了整个社会的命脉。此时，一位名叫长空（金城武 饰）的人被推到台前，成为其背后势力反政府的领袖。然而，不久长空被杀，杀手将此罪责嫁祸给冬冬的老公（刘松仁 饰），他也是当时的公安局长。局长因此被杀，冬冬也被捕，军长趁机发动了政变。陈三（杨紫琼 饰）救出总统，同时陈七（张曼玉 饰）受冬冬之托带着冬冬的女儿去寻找干净的水源，冬冬也终于重拾信念做回女飞侠。这突如其来的灾难背后有着怎样的阴谋？三位女飞侠能否再次给这黑暗世界到来一丝曙光？
