明治十五年，柔道爱好者姿三四郎（藤田进 饰），无意中目睹了门马党与修道馆之战。修道馆馆主矢野本五郎凭借一己之力，以柔道击败门马党众，令姿三四郎心悦诚服，拜其为师。然而，矢野觉得他生性好斗，出尔反尔，有...

炎炎夏日，出木杉君向朋友们讲述了《金银岛》的故事。大雄（大原惠美 配音）兴致盎然，又在胖虎（木村昴 配音）、小夫（关智一 配音）以及静香（嘉数由美 配音）面前吹嘘要找到海盗的宝藏。当然，最终他还是要依赖忠实的好朋友哆啦A梦（水田山葵 配音）。哆啦A梦拿出了秘密道具“金银岛地图”，大雄则极其巧合地在太平洋中心找到了一座藏有金银财宝的新的岛屿。在此之后，好伙伴们扬帆远航，一路朝着太平洋中心前行。当最初的快乐刺激过后，一群神秘海盗将众人拦了下来。经过一番混战，静香还被对方当成另外一个女孩抢走。与此同时，大雄等人则救下了来自那座岛屿的男孩弗洛克（山下大辉 配音）。

寻找秘宝的路飞一行，进入海肚脐的大冒险

千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…
那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

在电影开始开篇，场景好像被设置在一片大森林中。在森林内, 一声强力的呼救被一个叫Yukinari的男孩听到了。Yukinari是一个在残酷社会中比较天真的男孩，但这次经历对他来说是可能使他终身受益。　　当他进入森林的时候,他遇见一个叫Mika的少女。Mika大概是森林的监护人, 而且与 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人给这里带来了麻烦，Yukinari将帮助Mika摆脱这些伐木者。这时Mika向Yukinari解释了森林现在存在的危险，以及他们必须在有限的时间内寻找她所需要的某个答案。突然，雪比拉出现了，将他们带入了40年后的时代。　　在那里，他们遇见了我们的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，好像Ash和Yukinari还有某种血缘关系。与此同时，火箭队的成员之一Bisashu也在积极的寻找着雪比拉。这个男人带着一个金属头盔站在黑色的悬崖一角露出一种怪异的眼神。　　Ash and Yukinari开始主动的与Bisashu战斗，来保护雪拉比。突然，神秘的口袋怪兽Suicune出现了。据说这只神奇的妖怪具有可怕的能力......

照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难……本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。

座头市出于对黑道熊吉提供住宿和食物的义务，不得不杀死年轻的黑帮宇吉，但当他得知熊吉的目标是宇吉的姐姐小袖时，他带着她逃跑了。佐藤胜作为一的竞争对手出现。

大雄最近一段时间经常被奇怪的梦困扰，接着，他房间中央的榻榻米下面还不断出现响动。某天，榻榻米被撞开，里面跑出一个像兔子一样的生物。它的名字叫恰米，是外星男孩罗布姆的宠物。罗布姆和亲人、朋友生活在名为可亚可亚的星球，这里盛产奇妙的浮游矿石。邪恶的浮游矿石工业公司为了霸占这些矿藏，不惜使用各种卑鄙手段企图将罗布姆这群早期开拓者赶走。罗布姆乘坐的飞船就是遭到浮游矿石工业的袭击，偶然引发错乱和大雄的房间连在了一起。哆啦A梦和大雄修好了罗布姆的飞船，还和可亚可亚星的人民成为好朋友。与此同时，浮游矿石工业继续他们罪恶的计划，善良正直的大雄决心帮助外星朋友守卫他们的家园……

炎炎夏日，为了找到所向披靡的独角仙，大雄（大原めぐみ 配音）痛哭流涕，对哆拉A梦（水田わさび 配音）软磨硬泡。无奈之下，哆拉A梦和哆拉美（千秋 配音）拿出时光圈，帮大雄在500年前的新西兰寻找独角仙，谁知却意外抓到了早已灭绝的恐鸟。为了不至于让恐鸟走向灭亡，他们决定将其送往奇迹之岛。奇迹之岛是由未来的科学家开发的专门用来收留、保护、研究灭绝动物的小岛，传说岛上有一只黄金独角仙，它可为当地的生物注入生命的力量。一波三折，大雄和小伙伴们来到了这里，并且结识了和大雄极其相像的神秘少年达凯（野沢雅子 配音）以及善良的洛科洛族。与此同时，一个黑心商人图谋抓住黄金独角仙……
本片为哆拉A梦诞生前100年的纪念之作。