自黑船事件十余年后，闭关锁国的德川幕府正迎来剧烈的变革时刻。倒幕志士群雄并起，幕府派则加大倾轧力度，一时间山河动荡。少年剑客绯村剑心（佐藤健 饰）为了开辟万民自由的新时代，投身至长州藩倒幕军团首领桂小五郎（高桥一生 饰）麾下，并逐渐成长为诛杀清除那些阻挠倒幕之人的急先锋。一时间刽子手拔刀斋的威名传遍京都，而他偶然杀掉的下级武士，却在他的脸颊上留下了第一道无法消退的伤疤。不久之后，剑心邂逅忧郁沉默的女孩雪代巴（有村架纯 饰）。巴留在倒幕志士聚集的场所帮佣，在这一过程中她似乎也让始终绷紧心弦的剑心放松下来。但是被命运和时代所拨弄的二人，等待他们的仿佛只有永生的悲剧……

讲述互相敌视的两个国家的公主与青年为了两国未来扮演夫妻，并在相处过程中渐渐坠入爱河的故事。贺来贤人饰演优秀建筑师纳兰巴雅，滨边美波饰演温柔的公主萨拉。

本作为此动画片画下完美句点，同名原著漫画拥有超高人气，销量卖破3,800万册。

古老帝国拉比达是一座漂浮在空中的巨大的机器岛，传说那里已经无人居住，蕴藏着巨大的财富。因此，无论军方还是海盗，都在找寻着这座传说中的飞行岛。　　矿工帕克这天偶遇拉比达继承人希达，两人一见如故。因为希达身上有找寻拉比达帝国的重要物件飞行石，军方和海盗两帮人马都在追杀希达。帕克带着希达一起逃亡，最终都没有逃出军方的手中，希达被军队掳走了。　　为救朋友，帕克只能选择与海盗合作。帕克与海盗成功救出了希达，同时，他们也发现了军方的邪恶计划。为了阻止军方邪恶计划的实施，他们和海盗一起踏上了寻找拉比达之旅。

明治十五年，柔道爱好者姿三四郎（藤田进 饰），无意中目睹了门马党与修道馆之战。修道馆馆主矢野本五郎凭借一己之力，以柔道击败门马党众，令姿三四郎心悦诚服，拜其为师。然而，矢野觉得他生性好斗，出尔反尔，有...

寻找秘宝的路飞一行，进入海肚脐的大冒险

千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…
那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉祈的伙伴，果然，基拉祈从万花镜般的光芒中苏醒过来。虽然基拉祈只能停留短暂的七日就会再消失，但是头一次拥有属于自己的神奇宝贝的小胜，对基拉祈却非常宠爱。充满野心的魔术师巴特勒，因为知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈给抢走，并且想利用他来完成愿望。不怀好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智与小胜要如何克服困难，成功救出同伴呢？小胜与基拉祈又会面临怎样的生离死别呢？

在电影开始开篇，场景好像被设置在一片大森林中。在森林内, 一声强力的呼救被一个叫Yukinari的男孩听到了。Yukinari是一个在残酷社会中比较天真的男孩，但这次经历对他来说是可能使他终身受益。　　当他进入森林的时候,他遇见一个叫Mika的少女。Mika大概是森林的监护人, 而且与 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人给这里带来了麻烦，Yukinari将帮助Mika摆脱这些伐木者。这时Mika向Yukinari解释了森林现在存在的危险，以及他们必须在有限的时间内寻找她所需要的某个答案。突然，雪比拉出现了，将他们带入了40年后的时代。　　在那里，他们遇见了我们的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，好像Ash和Yukinari还有某种血缘关系。与此同时，火箭队的成员之一Bisashu也在积极的寻找着雪比拉。这个男人带着一个金属头盔站在黑色的悬崖一角露出一种怪异的眼神。　　Ash and Yukinari开始主动的与Bisashu战斗，来保护雪拉比。突然，神秘的口袋怪兽Suicune出现了。据说这只神奇的妖怪具有可怕的能力......

照常进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（上田祐司 配音）、小霞（饭塚雅弓 配音）一行辗转来到水之都奥多马雷参加紧张刺激的水上竞赛。奥多马雷流传着一个精彩的传说，在很久很久以前，岛上的老夫妇捡到一对孤儿兄妹，当邪魔出现时，两兄妹化作威力强大的神奇宝贝拉帝欧斯和拉帝亚斯，他们击败邪魔，并赐予奥多马雷人民名为“心灵水滴”的宝石作为守护。时至今日，神圣的心灵之滴却引起一对盗贼姐妹（释由美子 配音）的垂涎。她们在追踪妹妹拉帝亚斯（折笠富美子 配音）时遭遇小智并受挫，贪欲将带给水都史无前例的灾难……本片为神奇宝贝系列第五部电影剧场版。