故事发生在南宋末年，郭靖（张智霖 饰）和杨康（罗嘉良 饰）分别是郭家和杨家最后的传人，郭靖生长于大漠之中，受高人指点研习武艺，为人忠厚正直，而杨康则被金人完颜洪烈（王伟 饰）收养，成为了太子。
　　某日，郭靖南下，结识了名为黄蓉（朱茵 饰）的伶俐女子，随着时间的推移，两人之间情愫渐生，渐渐走到了一起。与此同时，郭靖更得到了北丐洪七公（刘丹 饰）和周伯通（黎耀祥 饰）的指点，分别习得了江湖失传已久的降龙十八掌及九阴真经。一次意外中，杨康得知了完颜洪烈正是自己的杀父仇人，然而，在利益的驱使下，他认贼作父，更联合邪恶的西毒欧阳锋（朱铁和 饰），企图从郭靖手上夺取武林秘籍。

　　康熙五十七年，皇族秋猎，于木兰围场遇暴客行刺，戌卫精兵溃伤，哈达亲王殒命，康熙怒遣皇四子雍亲王（郑少秋饰）南下缉凶。雍亲王爱新觉罗胤禛遂化名傅示真，微服简从南下查案，于石门结识江南名儒之女吕丝丝（梁琤饰），二人协力，铲桐山贼，保振远镖，几番出死入生，患难与共，情愫渐长，相知益深。
　　原木兰山左翼长刘勇，因行刺案遭牵连，身系囹圄，妻小流散。二子改从母姓，曰李卫，李才。卫辗转投至皇十四子大将军王麾下，于西疆屡建战功。才往石门奔东海书院，习文印诗，一心潜学。东海书院山长吕留良，即丝丝父，为士林巨擘，倡兴汉学，拒不仕清，又与反清组织江南八侠素有往来，深为朝廷所忌。
　　胤禛欲以康熙南巡发赈为饵，巧计拿敌。不意双方对峙少林之际，意外发现江南八侠之一虞慧儿，竟是十多年前落水失踪的十七格格，康熙望女得归，大喜，封为佛抱。
　　为保佛抱格格顺利入宫，胤禛托请丝丝傍随照料。丝丝遂辞别父亲，北上皇苑，与佛抱格格位，胤禛得总理大臣隆科多襄助，顺利登极，改元雍正。
　　为使胤禛断思，吕家将丝丝许给李才为妻。文定之礼方毕，吕父谢世，丝丝大恸。而雍正君临天下，治风勤严，与丝丝南北乖隔，遥相用忍。
　　李才得丝丝之鼓励，应考取官，一试中的，以状元内封大学士，侍命军机处，深为雍正所重。李卫亦为雍正收买，先后于皇十四子允示题胤祀与川陕总督年羹尧处卧底，雍正元年，胤祀囚景陵，三年，年羹尧遭赐死，李卫得扶摇直晋浙江巡抚。任内，查得石门东海书院有盗窃官粮，私通明遗之嫌，遂迭报军机处，请拿吕家。雍正十年，东海书院满门抄斩，两百馀命葬于乱坟。丝丝李才上京请命未及返回，得存。遭逢巨变，丝丝悲愤无已，誓谋雍正以报血仇。不料三刺未中，反遭雍正所制，二人限期共理朝政，十八个月后维民所止。丝丝遂擢封吕侍读，协助雍正改革赋役，整顿吏治。期限届至，雍正视死如归，丝丝不忍，延期活之。
　　李才丢官之后，游名山大川，写三朝演义，因书中触露宫禁，问罪被刑。丝丝感其情深义重，狱中委身，生子图报。
　　大限有期，天地会内外倾逼；雍正十三年八月廿三子夜，胤禛端坐就戮，丝丝苦剑徊肠，十五年恩仇难泯，牡丹亭生死成谜。
　　弘历即位，改朝乾隆； 二十年，闻说黄山之巅有双神仙侠侣，貌似雍正丝丝，众人登山寻访，却哪见仙踪侠影。正所谓，吴水深万丈，楚山邈千重，雌雄终不隔，神物会当逢。

　　“九一八”事变前夕，国民党中央政府真可谓多事之秋。中原大战刚刚平息，日本帝国主义对我东北华北又蠢蠢欲动，各种军事进攻准备正在紧锣密鼓加速进行。
　　两国交战谍先行。一场远东间谍情报战早已悄然打响……
　　日方先施以怀柔策略，招收数名中国军人到日本留学，妄图进行奴化教育。他们各种手段无不用尽，严刑拷打、欺压凌辱、金钱美女、高官厚禄，有的人动摇了，有的人正在接受严峻的考验……

　　元朝末年，江湖盛传兼得倚天剑与屠龙刀者即可号令武林，整个武林为之疯狂。张无忌（苏有朋 饰）的父母张翠山和殷素素无意卷入因屠龙刀而起的江湖纷争，年幼的张无忌目睹父母双亡，更被“玄冥二老”所伤，所幸被张三丰带往少林寺求得易筋经解毒，无意中还得到了一部失传已久的武功秘籍《九阳神功》，抱着打发无聊时光的念头，不料却练就神功，不仅清除了体内寒毒，还以超凡的武功在明教光明顶化解了武林纠葛，成为明教教主。然而，虽有绝世武功，兼得背后明教势力支持，张无忌的生活依旧步步荆棘，不仅如此，蒙古郡主赵敏（贾静雯 饰）、青梅竹马的峨眉派美人周芷若（高圆圆 饰）、表妹殷离以及少女小昭的爱慕更是使他左右为难，无法取舍……
　　本剧根据武侠大师金庸1961年所著的同名长篇小说改编。

　　华山派大弟子令狐冲（吕颂贤 饰）生性放荡不羁，和古板严肃的掌门岳不群（王伟 饰）形成鲜明对比。令狐冲和岳不群的女儿小师妹灵珊从小就青梅竹马，各人都认为令狐冲日后将会继承岳掌门的衣钵。令狐冲虽然加入华山派多年，但武功一直平平，直到一次偶遇剑宗风清扬并被授予名震江湖的独孤九剑，令狐冲剑法大有进展。心胸狭窄的岳不群发现令狐冲武功大涨，大有超越自己之势，暗中对他十分不满。另一方面，林平之（何宝生 饰）家中因为藏有武林中人人欲得的葵花宝典而满门遭到毒手，只有他一人逃脱。岳不群为了获得葵花宝典而将平之招入华山派，表面上是为了保护平之，其实暗怀鬼胎。令狐冲被岳不群借口逐出了师门，连一向感情深厚的小师妹亦转投了林平之的怀抱，令狐冲心灰意冷之际开始独自闯荡江湖……

　　为了争夺名震江湖的《连城诀》，同门师兄弟戚长发（于东江 饰）和万震山（杜志国 饰）之间展开了激烈的交战，并将狄云（吴樾 饰）和其恋人戚芳（何美钿 饰）卷入其中。在万震山的设计之下，狄云含冤入狱，而戚芳则含恨嫁给了万震山之子万圭（钱泳辰 饰）。
　　狄云在狱中结识了大侠丁典（王海地 饰），两人结为莫逆之交。之后，狄云越狱，在机缘巧合之下练就神功，名震江湖。为了报仇雪恨，狄云找到了万震山和万圭，将他们封入墙中，哪知道善良的戚芳心软放出了万圭，却反而死在了丈夫手下。狄云陷入了绝望之中，幸得水笙（舒畅 饰）一路照拂安慰，两人之间渐渐产生了真挚的情谊。

华山派大弟子令狐冲（李亚鹏 饰）受师父岳不群（巍子 饰）之命，与青梅竹马的师妹岳灵珊（苗乙乙 饰）乔装成酒栈伙计，伏于武夷山脚。途中令狐冲巧遇魔教长老曲洋（丛志军 饰），二人惺惺相惜，师兄妹两人还救下了被青城派寻仇的福威镖局少镖头林平之（李解 饰）。林平之被带回华山后岳灵珊对其芳心暗许，这让令狐冲心里不是滋味，加上他身受重伤可能不久于人世，于是决定出走。行走江湖的途中他遇到了魔教圣姑任盈盈（许晴 饰），任盈盈喜欢他，不惜动用人力物力下为其疗伤。因缘际会，令狐冲得以认识了风清扬（于承惠 饰）、向问天（巴音 饰）、蓝凤凰（李菲 饰）、定逸师太（李勤勤 饰）等许多高手，学到了更高深的功夫还认识了美丽单纯的仪琳（陈丽峰）小师妹。他与任盈盈一起战胜了企图吞并五岳派的嵩山派掌门人左冷禅（涂门 饰），救出了被东方不败（茅威涛 饰）囚禁的盈盈之父任我行（吕晓禾 饰）。可是事情并未朝着想象的方向发展，一个东方不败死了新的东方不败又将诞生。