这一年是2052年，一个前所未有的和平与繁荣的时代遍布全球。原因是:人类已经从疾病和痛苦中解脱出来了。诺贝尔奖得主神经科学家斯金纳博士发明了一种神奇的万灵药，没有明显的缺陷，叫做Hapuna。哈普纳很快变得无处不在……而且必不可少。然而，在Hapuna正式推出后不久，斯金纳博士就消失了。三年后，世界又向前发展了。但斯金纳博士回来了——这一次，他是末日的先兆。斯金纳宣布哈普纳的半衰期很短。所有服用该药的人大约三年后都会死去。死亡即将降临这个罪恶的世界，而且很快就会降临。为了应对这一威胁，一个由5名特工组成的特别任务小组从世界各地聚集起来，从斯金纳的计划中拯救人类。这群人被称为“拉撒路”。他们能在时间耗尽之前找到斯金纳博士并研制出疫苗吗?

　　2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃……
　　古代曾经拯救数码暴龙世界的十斗士现在已不存在。就在这危急关头，十斗士的斗士精神把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子……
　　主角拓也等人，将进入数码世界，变身成数码暴龙，投入这场冒险与战斗的旅程！

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了

　　1 "The Phantom Woman"
　　"Maboroshi no Onna" (幻の女) 1990-05-25
　　2 "The Ripper"
　　"Za Rippaa" (ザ・リッパー) 1990-08-24
　　3 "The Man Who Bites His Tongue"
　　"Shita o Kamu Otoko" (舌を噛む男) 1990-11-22

　　日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然通过家中神社的枯井来到了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，世间大地生灵涂炭。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了得到四魂之玉结识拥有强大灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处，两人之间产生了感情。犬夜叉因此希望变成人类，而桔梗也打算在净化完四魂之玉后过回普通人的生活。然而，对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪，继而转生变成邪恶的半妖奈落。在他的一番挑拨下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。
　　桔梗转生的戈薇解救了犬夜叉，却不慎将四魂之玉射成碎片。为了找回碎片，她和犬夜叉以及随后遇到的伙伴：七宝、弥勒、珊瑚踏上了充满艰难险阻的旅途……